Zagrożenia dzieli się na trzy grupy:

• biotyczne (np. szkodliwe owady, grzyby patogeniczne, ssaki roślinożerne);
• abiotyczne – ekstremalne zjawiska atmosferyczne (np. silne wiatry, śnieg, ulewne deszcze, wysokie i niskie temperatury);
• antropogeniczne – wywołane przez człowieka (np. pożary, zanieczyszczenia przemysłowe, zaśmiecanie lasu).

Większość upraw i młodników na terenie Nadleśnictwa Zagnańsk  pochodzi z odnowienia naturalnego z czym związana jest większa odporność biologiczna,a także mniejszy rozmiar szkód od czynników biotycznych i abiotycznych ,które na tym terenie  mają znikomy rozmiar.

Ważnym zagadnieniem jest ochrona przed szkodnikami pierwotnymi (liściożernymi), takimi jak brudnica mniszka, strzygonia choinówka, poproch cetyniak, boreczniki i zawodnica świerkowa. W tym celu prowadzone są różne prace prognostyczne, np. liczenie samic brudnicy mniszki podczas przejścia przez zagrożone drzewostany w czasie kulminacji rójki, jesienne poszukiwania zimujących stadiów szkodników sosny czy świerka.

Starsze drzewostany iglaste narażone są na szkody od szkodników wtórnych (uszkadzających drewno) takich jak cetyńce, korniki i przypłaszczek granatek. Ochrona przed tymi szkodnikami polega głównie na: wyznaczaniu, terminowym usuwaniu i wywożeniu z lasu drzew zasiedlonych, utylizacji resztek poeksploatacyjnych (gałęzi, kory) powstałych podczas pozyskiwania drzew zasiedlonych, terminowym wywozie pozyskanego drewna z lasu, a w razie jego pozostawania w lesie w okresie wiosennym i letnim – korowaniem i wykładaniem pułapek wabiących.

Ważnymi sprzymierzeńcami leśnika w walce z nadmiernym rozmnożeniem się szkodliwych owadów są ptaki. Aby poprawić ich warunki bytowania, wywieszamy w lasach budki lęgowe,a zimą  dokarmiamy.

Nadleśnictwo Zagnańsk posiada system ochrony przeciwpożarowej złożony z punktu alarmowo-dyspozycyjnego przy biurze nadleśnictwa . W okresie wysokiego zagrożenia pożarowego organizowane są także patrole piesze i samochodowe. Na terenie nadleśnictwa zlokalizowana jest Leśna Baza Lotnicza w miejscowości Masłów, gdzie stacjonuje samolot patrolowo-gaśniczy pozostający do dyspozycji kierownictwa Lasów Państwowych oraz Komendy Wojewódzkiej PSP. Nadleśnictwo wyposażone jest też w sprzęt do gaszenia pożarów. Na terenie nadleśnictwa zlokalizowana jest sieć punktów czerpania wody oraz dojazdów pożarowych w celu zaopatrzenia wodnego samochodów gaśniczych.